歯科衛生士の奨学金の返還を医院が肩代わりするには｜日本学生支援機構の代理返還と、税金・社会保険料の扱い

歯科衛生士の学校を出た人の中には、奨学金を返しながら働いている人がいます。 その返還を医院が代わりに引き受けることは、採用のときの材料にも、長く働いてもらう理由にもなります。

日本学生支援機構（JASSO）には、事業主が従業員の奨学金を機構に直接送金して返すしくみがあります。 「企業等の奨学金返還支援（代理返還）」と呼ばれています。

この記事では、日本学生支援機構の資料、国税庁、日本年金機構の事例集をもとに、しくみと手続きを整理します。 税金と社会保険料の扱いは、資料の書き方をそのまま紹介します。 自院の扱いは、この記事では判断しません。 税理士・税務署・年金事務所に確認してください。

どんなしくみか

日本学生支援機構の案内では、代理返還は「企業等が奨学金の返還残額の一部又は全額を、従業員に代わって日本学生支援機構に直接送金する制度」とされています。 2021年4月から、企業等から機構へ直接送金できるようになりました。

対象になるのは、機構の貸与奨学金（第一種奨学金・第二種奨学金）を返している従業員です。 機構の資料では、企業等が代わりに返した額を、従業員に請求すること（求償）は想定していないとされています。

日本学生支援機構の企業向けサイトでは、令和8年3月末時点で、全国で4,852社がこの制度を利用しているとされています。

使える事業主と、対象にするスタッフ

日本学生支援機構のQ&Aでは、個人事業主であっても、この制度を利用することは「可能です」とされています。 個人で開業している歯科医院も使えるということです。

ただし、同じ回答では、事業主本人の奨学金を返す場合は、課税の対象になると考えられるとされています。 従業員の分を返す場合とは扱いが違います。

対象にする従業員は、原則として、返還を支援する企業等が直接雇用している人とされています。 アルバイトなどを対象にするかどうかは、企業等に任せるとされています。

機構の資料では、企業等は、反社会的勢力とつながりがないことなどを含む覚書を結ぶ必要があるとされています。

申し込みと送金の方法

申し込み

日本学生支援機構のQ&Aでは、利用するときは、機構の奨学事業総務課に連絡するとされています。 支援の内容を確かめたうえで、利用企業等の専用ページのIDとパスワードなどが送られてきます。 申し込みから書類が届くまで、最長で2週間程度かかるとされています。

機構の資料では、流れは次のとおりです。

1. 医院が、返還を支援するスタッフを決める
2. 医院が、機構に返還支援を申請する
3. 機構が、専用ページのIDとパスワードなどを発行する
4. 医院が、スタッフの返還の残額を確かめて、支援する額を決める
5. 医院が、機構に直接送金する

送金の方法

送金は、口座振替か払込取扱票のどちらかとされています。

• 口座振替：毎月6日に、登録した口座から支援する額が引き落とされる
  • 手数料は1件あたり135円（消費税込み）で、企業等の負担とされています
• 払込取扱票：ゆうちょ銀行かコンビニで払う
  • 毎月の返還額に満たない額での支援はできないとされています

Q&Aでは、一括での支援や、休職・退職にともなう中断と再開も「可能です」とされています。 返還期限の猶予や、減額返還を受けている人は、原則として支援できないとされています。

日本学生支援機構の案内では、口座振替で登録できる支援の期間は、支援を始めた月から1年（12か月）以内とされています。 1年を過ぎたら、登録し直す必要があります。

税金の扱い

スタッフの所得税

日本学生支援機構の資料では、企業等が直接機構に送金することで、通常の給与と返還額が区分され、奨学金の返還であることが明確になるため、その返還額にかかる所得税は「非課税となり得ます」とされています。 返還する人が役員である場合など、一定の場合は課税の対象になることがあるとも書かれています。

機構は、この説明の参考として、国税庁の質疑応答事例「奨学金の返済に充てるための給付は『学資に充てるため給付される金品』に該当するか」を挙げています。 この事例は、県が財団に直接送金する支援金についての照会で、代理返還そのものへの回答ではありません。

国税庁のタックスアンサー No.2588 では、学資金を非課税とする前提として、通常の給与に加算して支給するものであることが挙げられています。 本来の給与を減らしたうえで、その分を学資金として払うものは、給与として課税されるとされています。 学校ではなく、研修会や講習会の費用を医院が出す場合の扱いは、スタッフの研修や資格取得の費用を歯科医院が出すときにまとめています。

機構の資料では、返還額を本人に手当として払う方法は、所得税を非課税とするのは難しいとされています。

医院の側

日本学生支援機構の資料では、代理返還は給与として損金に算入されるとされています。 また、賃上げ促進税制の対象になる給与等の支給額にも当たるとされています。 これは機構の説明で、国税庁の資料では確かめていません。 個人で開業している医院の必要経費としての扱いも、この記事では確かめていません。 税理士か税務署に確認してください。

社会保険料の扱い

日本年金機構の「標準報酬月額の定時決定及び随時改定の事務取扱いに関する事例集」では、次のように分けています。

• 給与とは別に、事業主が直接返還金を送金する場合：奨学金の返済に充てられることが明らかで、通常の生計に充てられるものではないため、「報酬等」に該当しない
• 事業主が返還金を本人に払う場合：奨学金の返済に充てられることが明らかではないため、「報酬等」に該当する
• 給与規程などにもとづき、給与に代えて直接送金する場合：給与の代わりにすぎないため、本人に払っていなくても「報酬等」に該当する

所得税と同じく、機構に直接送ることと、給与に上乗せする形にすることが分かれ目になっています。

雇用保険料などの扱いは、日本学生支援機構のQ&Aでも「厚生労働省等に直接ご確認ください」とされています。 この記事では確かめていません。

自治体の補助

代理返還をしている企業等に、支援した額の一部を補助する自治体があります。 日本学生支援機構のサイトには、そうした自治体の一覧が載っています。

内閣官房の調べ（令和7年6月1日時点）では、奨学金の返還支援に取り組んでいる自治体は、47都道府県と876市区町村とされています。 この数には、本人に直接支援するものも含まれます。 医院のある自治体に、企業等への補助があるかを確かめてください。

求人に載せるとき

日本学生支援機構の資料では、掲載を了解した企業等に限り、企業等名と返還支援の要件などを機構のホームページに載せるほか、大学等に紹介する場合があるとされています。 機構のサイトには、地域・業種・企業名で探せるページがあります。

ハローワークの求人票に、奨学金の返還支援を書く専用の欄があるかは、この記事では確かめていません。

求人に書くときは、対象になる人、支援する額と期間、途中で辞めた場合の扱いを、就業規則などとそろえておくことが大切です。 給与の書き方の決まりは、募集要項の書き方にまとめています。

歯科医院で考えておくこと

• 給与の代わりにしない：給与を減らしてその分を返す形は、所得税も社会保険料もかかる扱いです
• 対象と条件を決めて書いておく：対象にするスタッフ、支援の額と期間を決め、ほかのスタッフとの公平さも考えておく
• 辞めたときの扱い：機構の資料では、代わりに返した額を従業員に請求することは想定していないとされています

歯科衛生士に長く働いてもらうための考え方は、歯科衛生士の定着にまとめています。 養成校に求人を出すときの段取りは、歯科衛生士学校への求人にまとめています。

相談先

• 日本学生支援機構 奨学事業総務課（制度の利用）
• 税理士・税務署（所得税と、医院の経費の扱い）
• 年金事務所（社会保険料の扱い）
• 医院のある都道府県・市区町村（補助の有無）

出典

• 日本学生支援機構「企業等の奨学金返還支援（代理返還）制度」
• 日本学生支援機構「企業等の奨学金返還支援（代理返還）への対応」
• 日本学生支援機構「企業等の奨学金返還支援（代理返還）に関するＱ＆Ａ」
• 日本学生支援機構「奨学金返還支援（代理返還）企業向けサイト」
• 日本学生支援機構「地方公共団体による代理返還を実施している企業等への支援」
• 国税庁「奨学金の返済に充てるための給付は「学資に充てるため給付される金品」に該当するか」
• 国税庁「No.2588 学資に充てるための費用を支出したとき」
• 日本年金機構「標準報酬月額の定時決定及び随時改定の事務取扱いに関する事例集」
• 内閣官房「地方公共団体における奨学金返還支援取組状況について（令和７年６月１日時点）」

2026年10月13日に確認しました。